De entre sus series fundamentales caben destacar La señoritas de la barra, de 1987, grabados al aguafuerte y aguatinta editados y presentados por Estiarte aquel año. En ellos se muestran divertidas insinuaciones y relaciones personales en los bares y locales de Madrid, mediante la escenificación de actitudes tópicas: traición, seducción, amistad o exhibición. En 1988 la serie Los radioescuchas, lleva al gran formato asuntos como la cena en casa, el revolcón bajo la mesa, una ducha caliente, el viaje en coche, la conspiración femenina, una conversación de bar, en dibujos al aguafuerte de rápida ejecución y extraordinaria viveza, así como retratos de personajes tipo como el calavera nocturno, la bella decadente, el motero encallecido, la morena fatal y el fumador empedernido, resueltos como vidrieras, con un grueso trazo emplomado y colores luminosos. En 1992 las galería Moriarty y Estiarte exponen sus series de Tatuajes, en los que Javier de Juan relata cuentos de marineros y aviadores, de ladrones y expresidiarios, bailarinas, camareras, juerguistas, toreras y ángeles de la guarda sobre el skyline de Madrid.

A partir de 1993, Javier de Juan aborda el tema del viaje de una manera más introspectiva, desde el interior de unos personajes que se acomodan en los asientos del coche o vuelan sobre las alas de un avión. En ellos, el artista despliega el "itinerario de un territorio emocional, en busca de uno mismo y del otro" dice Guillermo Solana en el catálogo de la retrospectiva que en 2003 le dedica a Javier de Juan el Casal Solleric en Palma de Mallorca. Estos itinerarios emocionales se extienden, a partir de 2003, con la serie Paraísos artificiales, título para distintas series de gráfica en Estiarte y habitáculos reconstruidos como pequeñas habitaciones en Max Estrella aquel año. En ellos la memoria y la intimidad del espacio personal se reproduce en la biblioteca, el bar y el compartimento del tren, mostrando "el enfermo del pasado" que es Javier de Juan y la nostalgia del lugar donde se ensueña: "El artista hace una ocupación literaria de los espacios que quedan entre las cuatro paredes de los correspondientes contenedores, porque, por último, son estructuras narrativas: en todos, se puede coger un libro y empezar a leer historias o mantener una relación, del tipo que sea, con alguien con quien se comparte transitoriamente el lugar que cada cual fabrica a su antojo", comenta Menene Gras Balaguer.

Oros y Espadas de 2004, e Instantes Congelados de 2005, han sido sus últimas series, en las que a través de la pintura, el dibujo y la investigación en nuevos soportes, vídeo incluido, Javier de Juan continúa sus relatos de personajes, sintetizando, conceptualizando, despojándolos en lo esencial y rodeándolos de una signografía marginal como modo de sugerir interpretaciones más abstractas residentes en los valores simbólicos de tipos cada vez más concentrados. En Instantes Congelados, el texto -textos referidos a la mitología clásica-- entra como elemento fundamental de intelección de la pintura de las olas del mar, solas, como espacio de meditación.

Su más reciente trabajo, que ahora presenta Estiarte con el título Boxing, se compone de más de una docena de dibujos sobre papel realizados con grafito y café instantáneo diluido en agua. En ellos, Javier de Juan, retoma el dibujo rápido, suelto, muy vivo del gráfito para personajes que luchan en combates de boxeo, metáforas de una búsqueda propiciada mediante los textos que presiden cada encuentro: "Cuando los hombres empezaron a ser hombres, los hombres empezaron a hacer dibujos. Y en las paredes y los techos de sus casa plasmaron sus deseos: los animales que habrían de cazar, las peleas en las que vencerían a los de la cueva de al lado, las mujeres que preñarían después, o simplemente la huella de una mano como forma de perdurar eternamente... tengo el convencimiento de que el dibujo es la expresión primordial de lo simbólico. De que el dibujo es la esencia del arte. Es la primera manifestación material que plasma los deseos que surgen como chispazos en el alma del hombre, incluso antes de que el lenguaje hablado... La palabra resignifica la imagen y la imagen se reinterpreta de nuevo a la luz de la palabra, emergiendo un todo nuevo, producto de esta simbiosis o sinergia, como gusta decir ahora... la imagen y la palabra unidas son el verdadero lenguaje de estos tiempos de saturación visual y mental" escribe Javier de Juan.